Mälsåkers historia går tillbaka till 1300-talet, då det var en sätesgård. Det äldsta husets historia finns tyvärr inte mycket information om. I slottets källare finns rester av grunden till en senmedeltida stenbyggnad.

I Hanna Källströms bok Det Medeltida Sverige kan man läsa om Mälsåker.

1383 hette det Mælisaker och 1386 var stavningen Mælersaker. Namnet betydde "åkern vid Mälaren".

1383 bytte Bo Jonsson (Grip) bort jord motsvarande 0:0:11½ ( 11,5 örtugland) till biskop Tord Gunnarsson som också disponerade Tynnelsö slott.

1386 avstår biskop Tord till Bo Jonsson 0:0:11½ (11,5 örtugland) i Mälsåker och jord i Fjällsta, Opptuna, Skäggesta, Utåker och Valla samt Nor i Svärta socken, och får i stället jord i Kulsta, Blacksta socken och Snaggesta, Forssa socken, vilken Peter Djäkn (Schack av Skylvalla), underlagman i Södermanland upplåter till biskopen på Bo Jonssons vägnar.

1480 fanns vid Melsaker ett medeltida bebyggelseläge ca 200 m nordväst om Mälsåker. Vid denna tid var Mälsåker sätesgård för följande medlemmar av Mälsåkersätten: Karl Filipsson 1480, Filip Karlsson 1485– 97, och Klas Filipsson 1503. Magnus Gjurdsson (Schack av Skylvalla) skriver sig till Mälsåker 1510–23 och hans änka Katarina Ivarsdotter (Gren) har Mälsåker som sätesgård 1523–33.

1506 tilldöms Olof Drake (Stenbock) alla gods och gårdar som Klas Filipsson lämnat efter sig, men åläggs att ersätta änkan Katarina Ivarsdotter (Gren) för hennes morgongåva med Mälsåker, som räntar 18 (?) pund korn, 3:0 pn och 9 pund fläsk och smör, samt jord i Odensicke och Skäggesta.

1508 tilldöms Katarina Ivarsdotter återigen Mälsåker om 3:0, som räntar 18 pund korn, 3:0 pn, 9 pund fläsk och smör, efter en tvist med Olof Drake inför rikets råd.

1523 säljer Katarina Ivarsdotter till sin kusin Anna Pedersdotter (Örnflycht), Nils Matssons (Kagg) hustru, sina morgongåvegods: sätesgården Mälsåker om 3:0, som räntar 18 pund korn och 3:0 pn, Götön, Stora och Lilla Askholmen, Koholmen, jord i Odensicke och Skäggesta samt två torp (utan ortnamn) som vardera räntar 1:0 pn.

Det är först när Gustav Vasas näst äldste son Johan III:s hovmarskalk Hans Åkesson Soop, gift med Elin Eriksdotter Kagg, köpte Mälsåker 1608 som slottet började växa. Det byggdes ett rektangulärt stenhus i två våningar med en kyrksal i bottenplanet. Kyrksalen är fortfarande i stort sett intakt.

Sin nuvarande utformning fick slottet på 1670-talet då dåvarande ägaren, riksrådet Gustav Soop, anlitade arkitekten Nicodemus Tessin d.ä som även ritat Drottningholms slott, för att modernisera det gamla huset. Fasader och interiörer utformades i barockstil. Flyglar, trapphus och en imponerande terrass med stora svängda trappor mot sjön, byggdes till. Rummen försågs med mönsterlagda golv, tak av stuckatur eller målad linneväv och väggar klädda med textil eller gyllenläder och dekormålade paneler.

Vid den tiden fanns också 2 tegelugnar som levererade 100 000 tegel om året och långt in på 1700-talet rapporterades om tegeltillverkning på Mälsåker.

I början av 1700-talet tillföll slottet släkten Gyllenstierna, som uppförde hörnflyglarna och trappbyggnaden. Därefter tillhörde slottet den grevliga ätten Wachtmeister af Mälsåker.

Genom Eleonora Margareta Wachtmeisters (1684 - 1748) äktenskap med greve Hans von Fersen (1683 -1736) år 1715 kom Mälsåker som arv till deras son, riksrådet greve Axel von Fersen d.ä. (1719 – 1794) och hans barn bl a sonen Axel von Fersen d.y. (1755 – 1810), som lynchades av folket 1810 på grund av falska rykten om att ha varit inblandad i den svenske kronprinsen Karl Augusts död, dottern Eva Sophie von Fersen (1757 – 1816) gift med Adolf Ludvig Piper och sonen Fabian von Fersen (1762 - 1818) gift med Lovisa Sofia Piper.

Många av de gamla gårdarna i Stallarholmen låg under Mälsåker tills de återtogs till staten. Sådan reduktion genomfördes under olika tidsperioder främst på 1600-talets andra hälft och under 1700-talet. Många gårdar såldes sedan till självägande bönder i början eller mitten av 1700- och 1800-talen. Exempel på gårdar som under olika tidsepoker legat under Mälsåker är Äleby, Giresta, söder- och östergårdarna på Norrby (Stallarholmens golfbana), Kumla uppgård, Fjällsta, Näsby m fl.

Vid storskifte i Kumla by i Toresund år 1765 står ”Högwälborne Grefwen Generalen, Fältmarskalken och Commendeuren Herr Axel von Fersen” som ägare till Uppgården och vid laga skifte på Norrby i Toresund år 1820 står hans barnbarn ”Högwälborne fru Grefvinnan Fersen, född Piper på Mälsåker” som ägare av Norrby Söder- och Norrgård.

Sin glansperiod hade Mälsåker under släkten von Fersens ägartid, då slottet fick den prakt och ståt, som hörde till ett högaristokratiskt gods. Von Fersen gav en del av bostadsrummen ny rokokoinredning. Det hade då en dyrbar porträttsamling, magnifika gobelänger samt en mängd dyrbara möbler.

De sista av släkten von Fersen som ägde Mälsåker var Fabian von Fersens dotter Louise (1816 – 1879) som gift sig med kammarherren Carl August Gyldenstolpe.

När de manliga grenarna av släkten von Fersen dött ut blev det en process om släktens alla stora egendomar. Det fanns en finländsk gren av ätten von Fersen och frågan var om arvet skulle gå till en avlägsen manlig släkting i Finland eller få gå över till kvinno­linjen, i det här fallet Fabians dotter Louise som alltså var gift med kammar­herren Carl August Gyldenstolpe.

Louise vann processen och blev ensam arvinge till hela förmögenheten och alla godsen: Steninge i Uppland, Mälsåker i Söder­manland, Ljung och Finspång i Östergötland samt det berömda Fersenska Palatset med terrass på Blasieholmen inne i Stockholm, som numera är Handelsbankens huvudkontor, mitt emot kungliga slottet. Familjen blev därmed ägare till några av de största jordegendomarna och var en av de förmögnaste i hela Sverige men lyx och dyrbara utsvävningar ledde så småningom till konkurs. Den jättelika förmögenheten, där Steninge slott ingick, auktionerades bort 1867, och familjen levde vidare i fattigdom.

År 1853 såldes Mälsåker av Carl August Gyldenstolpe till presidenten, hovrättsrådet och landshövdingen i Västernorrlands län Fredrik Åkerman. Denne dog 1877 men redan 1870 sålde han Mälsåker till  Friedrich Wilhelm Werner från Mecklenburg som dog på Mälsåker 1893 varefter hans arvingar ägde godset till 1898 då det såldes till ingenjören Åke Sjögren.

Ingenjören och storviltjägaren Åke Sjögren kunde restaurera och modernisera slottet tack vare ingifte i den förmögna Nobelsläkten. Mälsåkers slott installerades med el och vatten och centralvärme, d v s redan före tiden då det centrala Strängnäs fick el. I övriga Selaön kom elen 1917. Men den glansfyllda Sjögren-Nobel-epoken bröts 1916, då Åke Sjögren tvingades sälja sitt kraftigt belånade gods. Åke Sjögrens fru Mary var änka efter Carl Nobel, brorson till Alfred Nobel. Det var arvet efter Carl Nobel som var grunden till deras goda ekonomi. Vid köpet av Mälsåker hade även Marys 3 döttrars arvedel använts. När de ville ha sina inteckningar inlösta tvingades Sjögren sälja allt d v s Mälsåker, Husby, Näsby, Äleby mm och 1916 hölls en auktion då allt gick under klubban.

Näste ägare kom att bli generalkonsul Herman Gullberg som slutförde den omfattande restaureringen av slottet och även lät införa moderniteter som vatten. Under denna period var slottet väl besökt av grekiska och rumänska kungligheter. I och med detta inköp kom också Herman att bli Sveriges siste godsägare med patronatsrätt, d v s den som tillsatte prosten i Ytterselö socken. Herman Gullberg sålde sedan på 1920-talet slottet till baron Gustaf Åkerhielm och flyttade med familjen till Tureholms slott i Trosa.

År 1928 förvärvades slottet av Alfons Lönnell som behöll det till fram till krigsåret 1943, då den norska legationen köpte slottet och använde Mälsåker under andra världskriget för utbildning av infanterisoldater under täckmanteln "polisutbildning". Baracklägret, som kunde hysa över 1000 man, låg i de nuvarande hästhagarna mot Mälaren. Flertalet av dess byggnader skeppades sedan från Mälsåker på pråmar till Polen för att bli nödbostäder i det krigshärjade landet.

En kall januarinatt 1945 fattade taket eld. Sprickor i skorstensmurarna orsakade branden. Yttertaket förstördes och de rikt utsmyckade stucktaken i översta våningen störtade in. I flera år stod slottet utan ordentligt tak.

År 1946 erhöll den ungerske medborgaren Tibor Genal tillstånd att köpa slottet mot löfte att han lät bekosta reparationen efter branden för en summa av 200 000 kronor. Därefter skulle skottet överlämnas till Uppsala Universitet. Resturationsarbetena skulle utföras under kontroll av Riksantikvarieämbetet. Den besvärliga situationen i Sverige gjorde dock att den planerade restaurationen inte påbörjades förrän 1948. Efter att Genal försatts i konkurs såldes Mälsåker på exekutiv auktion till ett konsortium bestående av grosshandlaren K. A. Bergander,  disponenten D. Stjernberg, direktören Oscar Reinhold Notander samt direktören Johan Olov Becksén.

1951 överläts Mälsåker till Vitterhetsakademien, och i dag står Riksantikvarieämbetet som förvaltare. Först 1951 ersattes den provisoriska taktäckningen med "en trogen rekonstruktion", men då hade slottet redan tagit stor skada. Under perioderna 1993-1997 och 2006-2007 fungerade Mälsåkers slott som byggnadshytta och ett omfattande restaureringsarbete påbörjades. Värdefulla kunskaper i äldre byggnadsteknik återupplivades i takt med att slottet successivt återfick sin forna prakt. Slottet är idag endast delvis restaurerat.

Lyssna till visan om Mälsåker. Text och musik Bertil Lindh. https://www.youtube.com/watch?v=xvVPziMZDXI&list=UU3BFNfxXdLbA9FIym8p8llg&index=19&t=0s