Samer har länge bott och verkat i Jämtland, i vissa delar av länet sannolikt redan sen 1000-talet. Den första kyrkolagen, som kom till år 1686, slog fast att kristendomen var den enda tillåtna religionen. Samerna måste kristnas, bli bofasta och ha svenska namn. Parallellt inledde kyrkan regelrätta förföljelser av samer. Drygt trettio år senare beslöt riksdagen att man mer skulle satsa på undervisning än bestraffning. 

Som ett led i det fortsatta kristnandet av samerna beslutade regeringen att bryta ut Föllinge socken från Lits pastorat och bilda en ”Lapp-församling”. Då prästen Olof Sebrelius år 1746 tillträdde sin tjänst fick han en dubbel uppgift som pastor, dels i den lokala församlingen och dels för alla samer i Jämtland och Härjedalen. Man inrättade också en lappskola, som fick sin första elev i januari 1748. Första skolmästaren var Birger Cederberg, som också tjänstgjorde som pator vid Sebrelius avgång 1762, samtidigt som han fortsatte vara skolmästare.  

När lappskolan startade var viktigaste målet att utbilda lärare, kateketer. Efter avslutad utbildning skulle kateketen resa till olika samevisten och undervisa i kristendom och lära samerna att läsa. All undervisning i skolan skedde på svenska, inte på samiska. Eleverna fick bo hos pastorn eller den prästvigde skolmästaren, fick gratis skolböcker, kläder och tre mål mat om dagen. 

Eleverna gick i skolan mellan 1,5 – 2,5 år. De hade lov under några sommarveckor och dessutom över julen. De fick då oftast stanna kvar i skolan eftersom risken att inte återkomma efter loven ansågs alltför stora. En elev blev till exempel ”låckad till fjellen af sina föräldrar”, det beskrivs också att elever rymde hem till sina föräldrar. 

Det var från början bara tänkt att skolan skulle ta emot pojkar. Men eftersom det oftast var kvinnan som stod för hemundervisningen, ändrade man sig och började ta emot flickor också.

För att få trolovas (det var en rättsligt bindande överenskommelse som motsvarade giftemål), måste man enligt kyrkolagen kunna Luthers katekes och ha tagit nattvarden. Det visade sig omöjlig att kräva det av samerna vid 1700-talets mitt. De fick tillstånd att trolova sig/gifta sig "....ifall endera av dem...kan läsa i bok, och någorlunda förstå̊ sin kristendom."  Den part som inte hade tillräckliga kunskaper kunde tilldömas böter till kyrkan till dess han/hon klarade det. Samebarnen uppsköt ofta skolgången tills de blev äldre, och ett giftermål låg närmare i tiden. Åldern på eleverna som skrevs in på skolan varierade därför, från sju år till närmare 30 år. 

Skolans verksamhet ändrade med tiden inriktning och under åren 1796-1818 hade den mera karaktären av "medborgarskola". Men det var ändå bara en mycket begränsad del av barnen i socknen som fick gå i skolan.

Mot 1700-talets slut kom frågan om lappskolornas berättigande i fokus. Den debatten ledde till att lapp-skolorna drogs in och år 1818 lämnade den sista eleven Föllinge lappskola. En 70-årig epok var därmed avslutad.