Brännkyrka församling har medeltida ursprung. Ur församlingen bröts på 1600-talet Erstaviks kapellförsamling och Nacka kapellförsamling. 1931 bröts Enskede församling ut. Från 1 juni 1951 till 1957 var församlingen uppdelad på två kyrkobokföringsdistrikt, Brännkyrka och Årsta. 1957 bröts Hägerstens och Vantörs församlingar ut samtidigt som Årsta överfördes till Enskede församling.

År 1913 inkorporerades Brännkyrka med Stockholm Stad och därmed blev socknen en församling i huvudstaden i administrativt, juridiskt och kyrkligt avseende. I dag omfattar Brännkyrka församling Fruängen, Älvsjö, Östberga och Västberga områdena. Vantörs församling omfattar Stureby, Örby, Bandhagen, Högdalen, Rågsved och Hagsätra.

År 1941 tog kyrkorådet i Brännkyrka ett beslut att en hembygdsförening skulle bildas. Under flera decennier fanns därefter ett mycket nära samarbete mellan hembygdsföreningen och församlingen.